Le Topix, plus large, a cédé 4,96 points (0,33%) à 1.504,71.

Au moment de la clôture japonaise, l'indice chinois CSI300 cédait autour de 2% et le composite de Shanghai 1,5%, au lendemain d'une chute de 7% qui a fait craindre un nouveau coup de torchon sur les marchés mondiaux.

L'escalade des tensions entre l'Arabie et l'Iran a aussi incité les investisseurs à la prudence. "Le Moyen-Orient est revenu au premier plan en termes de risque géopolitique", note Stefan Worrall, directeur des ventes d'actions japonaises chez Credit Suisse.

Avec l'aversion pour le risque, le rendement des obligations gouvernementales japonaises (JGB) à 10 ans est tombé à 0,25%, son plus bas niveau depuis janvier 2015.

Le yen, considéré comme une valeur refuge, s'est de son côté légèrement replié après ses plus hauts de plusieurs mois touchés la veille contre le dollar et l'euro.

A rebours de la tendance, NTT Docomo a gagné 2,68% à 2.491 yens après un relèvement de recommandation de Nomura Securities, qui est passé de "neutre" à "achat" sur l'opérateur de téléphonie mobile.

(Bureau de Tokyo, Véronique Tison pour le service français)