Toolgen a annoncé avoir publié trois techniques révolutionnaires dans des revues scientifiques de premier plan. La première étude présente un nouvel essai cellulaire appelé TAgmentation of Prime Editor sequencing (TAPE-seq) qui peut prédire les candidats hors cible à l'échelle du génome pour les éditeurs principaux (PE). Les PE sont des outils puissants qui permettent une édition plus précise du génome, mais jusqu'à présent, les méthodes de prédiction des effets hors cible reposaient sur l'analyse de l'activité des nucléases ou des nickases Cas9.

TAPE-seq de Toolgen est la première expérience au monde de prédiction des effets hors cible à l'échelle du génome qui utilise directement les PE. TAPE-seq présente un taux de manque inférieur et une précision supérieure par rapport aux méthodes existantes et peut identifier des sites hors cible valides qui ont été manqués par d'autres méthodes. Les résultats ont été publiés dans Nature Communications en décembre 2022.

La deuxième étude présente une nouvelle méthode de prédiction des sites hors cible à l'échelle du génome appelée Extru-seq. Jusqu'à présent, plus de 20 méthodes de prédiction hors cible à l'échelle du génome pour CRISPR ont été rapportées, classées selon qu'elles sont cellulaires, in vitro ou in silico. Chaque méthode cellulaire ou in vitro présente des avantages et des inconvénients.

La méthode Extru-seq de Toolgen a franchi la barrière entre ces méthodes en utilisant un extrudeur pour générer un état entre le cellulaire et l'in vitro. En conséquence, cette méthode combine les panoramas bénéfiques des méthodes à base de cellules et in vitro, démontrant un taux de validation élevé et une rétention d'informations sur l'environnement intracellulaire, ainsi qu'un faible taux d'échec. Extru-seq peut être facilement réalisé dans des types de cellules cliniquement pertinentes avec peu d'optimisation.

Les résultats ont été publiés dans Genome Biology en janvier 2023. Enfin, la troisième étude présente une version améliorée d'une nucléase Cas9 à haute fidélité appelée Sniper2L, qui présente une plus grande spécificité tout en conservant une activité élevée. Diverses Cas9 mutantes ont été rapportées, qui prétendent présenter une spécificité améliorée.

Cependant, des études ultérieures ont montré qu'il existe une corrélation inverse entre l'activité générale et les spécificités générales de ces protéines Cas9 mutantes, qui ont été définies comme des limites théoriques. Le Sniper2L de Toolgen a surmonté cette limitation pour montrer des spécificités élevées sans perdre les activités générales. Les stratégies de Toolgen en matière de brevets s'en trouvent renforcées, car Toolgen peut désormais prolonger son brevet en utilisant son biobetter Sniper2L.

Les résultats ont été publiés dans Nature Chemical Biology en mars 2023. Les résultats ont été sélectionnés pour une présentation orale (Sniper2L) et deux présentations de posters (Extru-seq et TAPE-seq) à la conférence de l'American Society of Gene & Cell Therapy (ASGCT) qui se tiendra à Los Angeles du 16 mai 2023 au 20 mai 2023.