Au moins un Palestinien a reçu une balle dans la jambe et a été emmené à l'hôpital tandis que d'autres ont été blessés par des grenades assourdissantes, des balles en caoutchouc et l'inhalation de gaz lacrymogènes, ajoute le communiqué.
L'armée israélienne n'a pas immédiatement répondu à une demande de commentaire.
Le ministère palestinien des Affaires étrangères a publié une déclaration condamnant la "répression" d'Israël, affirmant que les habitants protestaient contre l'expansion des colonies juives et la confiscation des terres palestiniennes.
Les pires affrontements ont eu lieu dans la ville de Huwara, au centre de la Cisjordanie, près de la ville de Naplouse.
Des vidéos postées sur les médias sociaux cette semaine ont montré des colons juifs et des soldats israéliens démontant des drapeaux palestiniens dans la ville. En réponse, les Palestiniens ont organisé une marche avec des personnes brandissant des drapeaux, ce qui a conduit à des confrontations avec les forces israéliennes.
"Ce qui se passe à Huwara est une provocation des colons", a déclaré à Reuters Mohammad Abdelhameed, membre du conseil de Huwara. "Nous accrochons le drapeau palestinien, qui est un symbole de notre identité et il restera levé tant que nous serons sur cette terre."
La loi israélienne ne proscrit pas les drapeaux palestiniens, mais la police et les soldats les retirent régulièrement des lieux publics.
Le groupe islamiste Hamas à Gaza a mis en garde contre une nouvelle guerre si une marche annuelle du "drapeau" organisée par les nationalistes israéliens dans la vieille ville de Jérusalem passe par le quartier musulman ce dimanche.
