Oxford Nanopore Technologies plc a annoncé une collaboration avec 10x Genomics, afin de permettre un flux de travail rationalisé pour le séquençage de transcrits complets en lectures uniques sur des dispositifs Oxford Nanopore hautement accessibles. Les utilisateurs auront ainsi la possibilité de couvrir des caractéristiques telles que les gènes de fusion ou les transcriptions avec des régions répétitives, produisant ainsi des données de séquençage abondantes et rentables pour les cellules uniques et l'espace. La collaboration couvre l'ajout des appareils PromethION d'Oxford Nanopore et de certains consommables, en conjonction avec la préparation d'échantillons sur les appareils de 10x Genomics, dans le programme de partenariat compatible (CPP) de 10x Genomics.

Parallèlement, Oxford Nanopore a également publié un nouveau protocole unicellulaire de bout en bout, disponible ouvertement, pour les nanopores uniquement. Les deux parties estiment que cela permettra de rationaliser l'expérience des clients et de mettre en évidence l'utilité incontestable du séquençage basé sur les nanopores en conjonction avec les flux de travail de 10x Genomics. L'analyse de l'hétérogénéité génomique et transcriptomique au niveau de la cellule unique a fourni de nouvelles perspectives dans de nombreux domaines de recherche, notamment la recherche sur le cancer, la biologie cellulaire, le développement embryonnaire et l'immunologie.

Cependant, l'utilisation de la technologie traditionnelle de séquençage à lecture courte peut laisser certains types d'informations, comme l'abondance des transcriptions spécifiques à une isoforme, invisibles pour les chercheurs. En outre, la note d'application de 10x Genomics décrit comment les données sur l'appel et le regroupement de cellules provenant du séquençage de longs fragments sont comparables aux lectures courtes et, après une analyse plus approfondie des données provenant du séquençage de longs fragments, il a été possible d'identifier avec précision les isoformes exprimées de manière différentielle entre les types de cellules. Les lectures de séquençage Nanopore résolvent ces défis, en permettant le séquençage de bout en bout de transcrits de pleine longueur dans des lectures uniques, qui couvrent des caractéristiques telles que les gènes de fusion ou les transcrits avec des régions répétitives.

En combinant la puissance des tests monocellulaires et spatiaux de 10x Genomics avec le séquençage nanopore, les chercheurs disposent d'un nouvel outil puissant pour voir les différences uniques dans l'expression des isoformes, l'épissage alternatif, les sous-types cellulaires, le profilage des récepteurs immunitaires, la transcriptomique spatiale et d'autres applications émergentes. Les produits Oxford Nanopore listés dans le CPP de 10x Genomics comprennent des dispositifs PromethION, des cellules à flux et des kits. En plus de ces produits, qui sont compatibles avec les essais de 10x Genomics, un nouveau protocole nanopore disponible en libre accès signifie que les clients n'ont pas besoin d'utiliser des flux de travail de séquençage longs ou complexes afin de voir les informations sur les isoformes, ce qui peut prendre jusqu'à deux ou trois jours avec d'autres méthodes de séquençage traditionnelles, et même certaines approches plus récentes.

Désormais, avec Oxford Nanopore, les utilisateurs de 10x Genomics peuvent facilement ajouter une nouvelle dimension à leurs données en utilisant l'approche de séquençage des transcriptions complètes la plus rapide et la plus rentable. Comme les analyses unicellulaires et spatiales peuvent être incroyablement gourmandes en données et complexes, elles conviennent parfaitement aux cellules et aux appareils PromethION Flow d'Oxford Nanopore, qui sont capables des plus hauts niveaux de débit de séquençage. Un projet typique d'atlas unicellulaire est similaire à une étude de génomique de population en termes d'ordre de grandeur des données, où un transcriptome entier est produit pour chaque cellule individuelle dans un échantillon.

Oxford Nanopore proposera désormais l'option de séquençage complet à plus haut débit pour le séquençage unicellulaire, avec plus de 80 millions de lectures complètes attribuées aux cellules par cellule d'écoulement PromethION. Dans le cadre d'une mission continue visant à améliorer l'accessibilité à la génomique humaine, Oxford Nanopore a annoncé hier le lancement de son séquenceur PromethION 2 (P2) Solo, l'appareil de séquençage à haut rendement le plus accessible au monde, qui a le potentiel d'élargir considérablement l'accès à un séquençage précis, rapide et abordable pour la génétique humaine et d'autres grands ensembles de données. Avec un pack de démarrage à partir de 10 455 dollars américains, le dispositif P2 Solo est le seul petit séquenceur à haut rendement sur le marché, ce qui permettra à quiconque de dépasser l'analyse de base de l'ADN en intégrant une analyse plus complète.

Le P2 Solo peut faire fonctionner indépendamment deux Flow Cells PromethION à haut rendement, qui conviennent parfaitement à la transcriptomique unicellulaire et spatiale. Désormais, grâce à Oxford Nanopore, les chercheurs utilisant 10x Genomics ont la possibilité de rationaliser leurs expériences unicellulaires et spatiales, en effectuant la préparation des échantillons et le séquençage, sans avoir à attendre. Oxford Nanopore propose également un PromethION 24 et un PromethION 48, tous deux capables d'un débit d'un ordre de grandeur bien supérieur et pouvant être utilisés pour des projets d'atlas unicellulaires plus importants.

Les appareils d'Oxford Nanopore utilisent le séquençage nanopore de haute précision de lectures natives de toute longueur pour améliorer la résolution des résultats, ouvrant ainsi le marché de la génomique en équipant n'importe qui, n'importe où, de données de séquençage du génome entier à haut rendement en quelques heures plutôt qu'en jours ou en semaines.