MGI Tech Co., Ltd. a annoncé une solution de flux de travail complet très efficace pour le séquençage du génome entier passe-bas à grande échelle en agriculture (Low-pass WGS), basée sur ses plateformes propriétaires DNBSEQ ? lors de la Conférence internationale sur le génome des plantes et des animaux en Asie (PAG Asia 2024) de cette année, qui se tient du 5 au 7 juin à Shenzhen, en Chine. La nouvelle solution consiste en un portefeuille de produits automatisés à processus complet, conçu pour le génotypage moléculaire de sélection à grande échelle d'espèces diploïdes agricoles.

Le flux de travail complet couvre l'extraction, la préparation des librairies, le séquençage et l'identification des SNP et des InDel. Le nouveau MGIEasy Large-scale PCR-Free FS Library Prep Set for Low-pass WGS, disponible en deux spécifications, 96RXN et 384RXN, est conçu spécifiquement pour les applications Low-pass WGS avec un nouveau module de réactifs de préparation de librairies à base de plaques. Comparé aux kits de préparation de librairies sans PCR courants sur le marché, ce kit supprime l'étape de purification et complète la construction de la librairie en trois étapes faciles, réduisant ainsi le temps et les consommables nécessaires.

En combinaison avec les plateformes d'automatisation avancées de MGI, la solution Low-pass WGS permet de dépasser les limites de débit des préparations de librairies ordinaires. Elle utilise un nombre réduit d'outils automatisés pour atteindre un débit très élevé, tout en maintenant un haut degré d'automatisation. Par conséquent, la préparation de librairies à grande échelle peut être réalisée en peu de temps, à faible coût et avec une grande facilité d'automatisation.

En ce qui concerne le séquençage, les ensembles de produits pour le WGS à haut débit et à moyen débit à faible passage comprennent respectivement le séquenceur DNBSEQ-T7 à très haut débit et le séquenceur de table polyvalent DNBSEQ-G400, ce qui permet de réaliser des projets de recherche en génomique agricole à grande échelle dans un court laps de temps. Le flux de travail initial comprend un panel de référence porcin et un logiciel d'analyse de données basé sur GLIMPSE2, permettant aux utilisateurs d'effectuer le génotypage porcin sans avoir à construire leur propre base de données. Un service gratuit de conversion de format est également disponible pour les utilisateurs disposant d'un panel de référence existant afin de le rendre compatible avec le logiciel d'analyse.

Soutenue par les instruments puissants de MGI, cette solution WGS agricole Low-pass a un débit quotidien de 96 à 1 536 échantillons et un débit annuel de 24 000 à 384 000 échantillons (basé sur la profondeur 1,0X d'un génome de porc et une sortie moyenne de données d'échantillon de 3G). Elle a également obtenu des résultats SNP très précis de 0,5~1X Low-pass dans des échantillons de tissus d'oreille de porc, démontrant une cohérence de 98,4 % avec le réseau SNP et de 98,1 % avec 50X WGS. Avec l'accélérateur d'analyse bioinformatique MegaBOLT développé par MGI, il peut analyser quotidiennement 192 échantillons de porcs 1.0X et environ 1 536 par jour avec ZBOLT Pro.

Par rapport au génotypage traditionnel par biopuce, la nouvelle solution de MGI offre des données sur l'ensemble du génome pour le même coût, mais capture une gamme plus large de variations génétiques, améliore la découverte de nouveaux variants et augmente la puissance statistique des études sur l'ensemble du génome, tout en éliminant les coûts élevés de conception et de mise en route associés aux biopuces. Les caractéristiques dynamiques de cette solution permettent des mises à jour et des optimisations continues des analyses génomiques. Le produit WGS Low-pass et le flux de travail seront disponibles pour les commandes à partir du 30 juin.