Au cours de l'une des périodes les plus sombres de l'histoire de l'Indonésie, certains historiens et activistes estiment qu'au moins 500 000 personnes ont été tuées dans les violences qui ont débuté fin 1965 après que le général Suharto et l'armée aient pris le pouvoir à la suite d'un coup d'État communiste avorté. Un million de personnes ou plus ont été emprisonnées, soupçonnées d'être des communistes.

"Avec un esprit et une conscience clairs et sincères, je reconnais, en tant que chef d'État, que des violations flagrantes des droits de l'homme ont eu lieu lors de nombreux événements", a-t-il déclaré.

"Et je regrette vivement que ces violations aient eu lieu."

Le président, communément appelé Jokowi, a cité 11 autres incidents, s'étalant sur une période allant de 1965 à 2003, avant son mandat de chef d'État, y compris la mort par balle et l'enlèvement d'étudiants lors de manifestations contre le règne de Suharto, qui a duré trois décennies, à la fin des années 1990.

Les étudiants qui menaient les protestations ont été pris pour cible et il y a également eu de nombreuses victimes au cours de cette période au sein de la communauté chinoise, une minorité dans le plus grand pays à majorité musulmane du monde et parfois mal vue pour sa richesse perçue.

Jokowi a déclaré que le gouvernement chercherait à rétablir les droits des victimes "de manière équitable et judicieuse sans nier la résolution judiciaire", sans toutefois préciser comment.

Le président a également cité les violations des droits de l'homme dans la région rétive de la Papouasie, précisant qu'il avait pris acte après avoir lu les résultats reçus d'une équipe qu'il avait formée en 2022 pour enquêter sur ces violations.

Certains activistes sont restés sceptiques et ont déclaré que la reconnaissance et l'expression de regrets n'étaient pas suffisantes sans que les affaires soient légalement résolues devant un tribunal et que les auteurs soient jugés, notant que les affaires avaient souvent été rejetées par le bureau du procureur général, qui est chargé d'enquêter sur les violations des droits.

Toute expression de regrets doit également inclure la réaffirmation que "les crimes graves du passé doivent être résolus de manière juste et équitable par des moyens judiciaires", a déclaré Usman Hamid d'Amnesty International, ajoutant que les victimes devaient obtenir réparation.

Les présidents précédents ont également reconnu de telles violations. Le défunt président Abdurrahman Wahid a présenté ses excuses pour le bain de sang de 1965, tandis que le président B.J. Habibie a formé une équipe pour enquêter sur les violences en 1998.