Déjà en vigueur dans trois régions, les mesures, qui seront appliquées de vendredi à février 13, ont été officialisées par le Premier ministre Fumio Kishida après avoir reçu l'aval d'un groupe d'experts plus tôt dans la journée.
"Nous luttons contre un virus inconnu, et j'espère que nous pourrons surmonter cette situation avec une préparation suffisante et sans peur excessive", a déclaré M. Kishida.
Les mesures de quasi-urgence, comme on les appelle, permettent aux gouverneurs de limiter la mobilité et les activités commerciales, en réduisant les heures d'ouverture des bars et des restaurants, et en interdisant la vente d'alcool.
"Même si les mesures ne seront pas aussi efficaces que lorsque les chiffres étaient plus faibles, je pense qu'elles peuvent encore atténuer les choses", a déclaré Gautam Deshpande, un médecin de l'hôpital international St Luke à Tokyo.
"Le cheval n'est qu'à moitié sorti de l'écurie pour le moment".
Mardi, le Japon a enregistré plus de 32 000 nouvelles infections au COVID-19, selon un décompte du diffuseur national NHK, dépassant ainsi le pic du mois d'août, peu après que Tokyo ait accueilli les Jeux olympiques d'été.
Tokyo a établi un record quotidien mercredi avec 7 377 nouvelles infections, tout comme la préfecture occidentale d'Osaka, avec 6 101.
Le pays a enregistré un total de 1 924 937 cas et 18 436 décès dus à la pandémie.
Bien qu'Omicron soit plus infectieux que les variantes précédentes, il semble provoquer des maladies moins graves, mais les experts en santé publique craignent toujours qu'une vague de cas de ce type ne submerge le système de santé.
Le Japon a déclaré l'état d'urgence à quatre reprises au cours de la pandémie, et a vacciné environ 80 % de sa population de 126 millions d'habitants, bien que son programme de doses de rappel n'ait atteint que 1,2 %.
Les autorités ont "traîné les pieds avec les rappels", a ajouté Deshpande.
Ce mois-ci, le Japon a mis en place des mesures de quasi-urgence dans trois régions abritant des installations militaires américaines, après qu'il est apparu que les foyers de la base Omicron se sont répandus dans les communautés environnantes.
Le taux d'occupation des lits d'hôpitaux de Tokyo pour les patients atteints du COVID-19, un chiffre étroitement surveillé par les autorités, est passé à 25,9 % mercredi. Une augmentation à 50 % justifierait une escalade vers un état d'urgence complet, ont déclaré les responsables.
Signe que la pandémie pèse sur l'économie, Toyota Motor Corp a déclaré qu'elle avait annulé une chaîne de production à Toyota City après que huit travailleurs y aient été testés positifs.
L'Organisation nationale du tourisme du Japon a déclaré que les 245 900 visiteurs étrangers de l'année dernière étaient les moins nombreux jamais enregistrés depuis 1964.
