Les affrontements ont eu lieu dans le district rural de Mangina, près de Beni, lundi, a déclaré l'armée dans un communiqué mardi.
La sécurité s'y est détériorée depuis le mois dernier, lorsqu'un membre de l'assemblée provinciale a encouragé les jeunes à prendre les armes et à former une petite milice pour s'opposer à l'armée, selon le communiqué du porte-parole local de l'armée, Antony Mwalushayi.
Le parlementaire cité dans le communiqué, Alain Siwako, a démenti cette information. Il a déclaré à Reuters par téléphone que les combattants de la milice n'étaient pas originaires de Mangina et que le porte-parole de l'armée l'avait accusé pour des raisons personnelles.
Lundi, des soldats en patrouille sont tombés dans une embuscade tendue par les jeunes miliciens et ont ouvert le feu sur des civils au cours des affrontements qui ont suivi, selon le communiqué de l'armée.
Un journaliste de Reuters a dénombré sept corps de civils dans la ville mardi. Un habitant a déclaré que son voisin était en train de sécuriser sa maison avant de s'enfuir lorsqu'il a été abattu.
"Il était père de deux enfants et il est mort le cadenas à la main", a déclaré Kahindo Mbahikya, 56 ans, qui a survécu aux attaques.
Les six soldats arrêtés "sont accusés par l'armée d'excès et du meurtre présumé de quatre civils", selon le communiqué de l'armée.
L'est du Congo abrite des dizaines de milices, dont certaines sont issues de la guerre civile de 1998-2003.
Les tensions sont vives dans tout le pays depuis que le président Félix Tshisekedi a été réélu à l'issue d'un scrutin contesté le mois dernier.
