Les trois sœurs sont âgées de 9, 6 et 1 an, a déclaré l'institut dans un communiqué mercredi.
Des membres de la Garde nationale mexicaine ont d'abord lancé une alerte pour les enfants, selon l'institut.
L'aînée des enfants tenait sa petite sœur dans ses bras lorsqu'elle a été trouvée par les agents, ont indiqué les autorités.
Les responsables du consulat du Salvador au Mexique étaient au courant de l'incident et en pourparlers avec les autorités locales, a déclaré le ministère des affaires étrangères du Salvador.
Le passage du Rio Grande, qui divise les États-Unis et le Mexique, est l'un des derniers obstacles auxquels les migrants sont confrontés avant d'atteindre les États-Unis, souvent après des voyages ardus.
Les trois enfants ont été confiés aux soins du Système mexicain pour le développement intégral de la famille (DIF), a indiqué l'institut de l'immigration.
