Les assaillants ont frappé samedi soir dans la commune de Seytenga, qui fait partie de la province de Seno, située dans les zones frontalières où des militants liés à Al-Qaïda et à l'État islamique mènent une insurrection.
Une source de sécurité a déclaré à Reuters qu'au moins 100 personnes avaient été tuées.
Une source locale qui ne souhaite pas être nommée a déclaré que le bilan provisoire s'élevait à 165 morts.
Les Nations unies ont condamné l'attaque qui a "fait de nombreuses victimes" dans une déclaration lundi et ont appelé les autorités à traduire les auteurs en justice.
Le gouvernement devrait fournir un bilan des morts plus tard dans la journée de lundi.
Des hommes armés ont tué 11 policiers militaires dans la même zone jeudi dernier.
Le bilan le plus lourd depuis le début de la crise sécuritaire au Burkina Faso est celui d'une attaque en juin dernier, lorsque des militants ont tué plus de 130 civils dans un village du nord-est du pays.
Les violences liées aux insurgés islamistes ont tué des milliers de personnes et déplacé des millions d'autres à travers le Burkina Faso, le Mali et le Niger voisins depuis 2015.
Des officiers de l'armée en colère contre l'escalade des attaques ont renversé le président du Burkina Faso en janvier et ont promis d'améliorer la sécurité, mais les niveaux de violence sont restés élevés.
Le gouvernement militaire a invoqué des problèmes de sécurité pour justifier sa décision de prendre 36 mois pour rétablir un régime démocratique, malgré la pression exercée par le bloc régional d'Afrique de l'Ouest, la CEDEAO, pour organiser des élections plus rapidement.
Près de 1,7 million de personnes au Burkina Faso, au Mali, au Niger et au Tchad devraient être confrontées à des niveaux d'urgence d'insécurité alimentaire dans les mois à venir - une situation exacerbée par la violence, la pauvreté écrasante et les prix alimentaires record, a déclaré l'agence d'aide des Nations Unies en mai.
