Il est diplômé d'un doctorat en 1959 de la Hopkins School à New Haven. Il va à l'université de Yale et obtient un "B.A. Electrical Engineering and Economics" en 1963.

Il a également obtenu une maîtrise ès sciences en gestion industrielle et un doctorat en recherche opérationnelle à l'Université Johns Hopkins en 1964 et en 1967.

Malone a commencé sa carrière en 1963 chez Bell Telephone Laboratories / AT & T dans la planification économique et la recherche et le développement. En 1968, il rejoint McKinsey & Company et en 1970 il devient Vice President du Groupe de la General Instrument Corporation (GI).

Il dirige aussi de 1973 à 1996 "Tele-Communications Inc.".

Il a servi comme directeur de la National Cable & Telecommunications Association (NCTA) de 1974 à 1977 et de nouveau de 1980 à 1993. Au cours de la période 1977-1978, M. Malone a été le trésorier de la NCTA.

Il devient CEO intérimaire de Liberty Media, entreprise américaine qui fait partie de l'indice NASDAQ-100, du groupe de News Corporation de Rupert Murdoch.

En 2008, Rupert Murdoch vend ses parts de Liberty Media Corporation à John C. Malone.

Dr. Malone devient un des hommes le plus influent des médias américain.

En 2008, Liberty Media achète pour 78.3 millions de dollars DirecTV.

Dr. Malone est actuellement le directeur général de Liberty Media & CEO de Discovery Holding Company (holding spécialisée dans les médias).

Dr. Malone est la 400ème fortune au classement Forbes en 2010.

Il siège actuellement au conseil d'administration de la Bank of New York, du Cato Institute, d'Expedia et The Nature Conservancy.

En outre, M. Malone est président émérite du conseil d'administration de Cable Television Laboratories, Inc et président de Liberty Global, Inc, et DirecTV Group.