Nathan Renze Chesters, 14 ans, et son père britannique Adrian Peter Chesters, 46 ans, faisaient partie d'un groupe de quatre personnes portées disparues mercredi après-midi lors d'une plongée d'entraînement près de Tokong Sanggol, une petite île au large de la ville de Mersing, dans le sud-est du pays.
L'aîné des Chesters et Alexia Alexandra Molina, 18 ans, de France, ont été secourus par des pêcheurs vers 1 heure du matin (1700 GMT vendredi) au large de l'île indonésienne de Bintan, au sud-est de Singapour, et à quelque 100 km (60 miles) au sud de l'endroit où ils ont disparu, ont indiqué les autorités.
La monitrice du groupe, Kristine Grodem, 35 ans, originaire de Norvège, a été secourue jeudi.
Le décès de Nathan, dont le corps n'a pas été retrouvé, a été confirmé par son père, "car il était trop faible et ne pouvait pas survivre", a déclaré l'Agence malaisienne d'application de la loi maritime dans un communiqué.
La police avait déclaré que les autorités indonésiennes prendraient en charge les recherches de l'adolescent car il avait probablement dérivé dans leurs eaux.
"Nous pensons qu'il est très probable qu'il ne se trouve plus dans les eaux malaisiennes, d'après le mouvement des courants marins, ainsi que l'heure et le lieu où les autres victimes ont été retrouvées", a déclaré aux journalistes Cyril Edward Nuing, chef de la police du district de Mersing.
Des moyens malaisiens se tiendraient prêts à apporter leur aide, a-t-il ajouté.
Grodem avait auparavant déclaré aux responsables que le groupe avait fait surface environ une heure après le début de sa plongée mercredi, mais qu'il ne trouvait pas son bateau.
Elle a ensuite été séparée des autres après avoir été prise dans de forts courants.
Le conducteur du bateau qui les a emmenés sur le site de plongée a été arrêté après avoir été testé positif aux drogues, a déclaré la police.
