Le rand s'est affaibli à la suite de la nouvelle du départ d'un homme d'expérience au Trésor national, où il a travaillé pendant 23 ans, dont les cinq dernières années en tant que directeur général.
Mogajane a prévu "de poursuivre de nouvelles opportunités en dehors du secteur public", a déclaré le ministère dans un communiqué.
Mogajane a déclaré qu'il avait choisi de partir et qu'il avait décliné la demande du ministre des Finances, Enoch Godongwana, de rester en poste.
"J'ai humblement décliné la demande et je l'ai appréciée. Je ne pars pas parce que je suis en colère contre qui que ce soit ou que je n'aime pas ceci ou cela, rien de tout cela", a déclaré Mogajane à Reuters.
"Je pars parce que je pense avoir suffisamment servi (le pays), j'ai fait ce que je devais faire. Je pars avec un cœur très lourd, mais je dois aller de l'avant."
Le rand s'échangeait à 14,7200 contre le dollar à 1330 GMT contre environ 14,6900 avant la nouvelle de son départ.
"Le ministre des Finances Godongwana représentant déjà une sorte de continuité politique, les investisseurs seront moins préoccupés par le changement de directeur général qu'ils ne l'auraient été autrement", a déclaré Razia Khan, économiste en chef pour l'Afrique et le Moyen-Orient chez Standard Chartered.
"Cela dit, il y aura toujours un grand intérêt pour savoir qui succède à Mogajane, afin de s'assurer qu'il y a une large continuité institutionnelle."
Dans son budget annuel dévoilé en février, le Trésor a déclaré qu'il s'attendait à ce que la dette publique culmine plus tôt et à un niveau moins élevé que prévu, car les recettes des taxes minières soutiennent les revenus.
