Recursion Pharmaceuticals, Inc. a annoncé la publication d'OpenPhenom-S/16, un modèle de base accessible au public dans le Google Cloud?s Vertex AI Model Garden. Cela permettra aux entreprises des sciences de la vie d'utiliser OpenPhenom-S/16 sur Google Cloud lors de la création d'applications qui nécessitent des données de microscopie pour évaluer l'efficacité des traitements médicamenteux, analyser les cultures, étudier les tissus et, en fin de compte, accélérer la découverte de médicaments et pour d'autres utilisations. Les essais de microscopie cellulaire à grande échelle sont devenus essentiels pour découvrir de nouveaux processus biologiques, des médicaments potentiels et des cibles.
Traditionnellement, les laboratoires s'appuient sur d'anciens logiciels de segmentation d'images et d'extraction de caractéristiques qui doivent être adaptés à chaque nouvel essai et qui sont souvent fragiles face à des changements mineurs des conditions d'essai. Avec l'augmentation de l'échelle et de la complexité des ensembles de données privés et publics, tels que RxRx3 et JUMP-CP, ces progiciels existants et les méthodes d'analyse en aval qui leur sont associées peinent à traiter efficacement le volume de données. OpenPhenom-S/16 permettra aux chercheurs non commerciaux de remplacer potentiellement leurs flux de travail existants par ce modèle prêt à l'emploi qui surpasse les pipelines d'analyse de microscopie traditionnels sans nécessiter de réglage ou de formation supplémentaire.
Par exemple, avec OpenPhenom-S/16, Recursion présente une amélioration sans précédent dans le rappel des relations biologiques connues de la base de données StringDB dans l'ensemble de données public JUMP-CP cpg0016. En tant que leader dans ce domaine, Recursion dispose également de modèles à usage commercial pour son propre pipeline et ses programmes de partenariat. Recursion a présenté les performances de deux générations de modèles propriétaires entraînés sur la microscopie interne de Recursion, Phenom-1 (CVPR 2024) et Phenom-2 (NeurIPS FM4S 2024). Pour accompagner OpenPhenom-S/16, Recursion publie l'ensemble de données RxRx3-core, un ensemble de données de phénomique optimisé pour la communauté des chercheurs.
RxRx3-core comprend des images étiquetées de 735 knockouts génétiques et 1 674 perturbations par petites molécules tirées de l'ensemble de données RxRx3, des encastrements d'images calculés avec OpenPhenom-S/16, et des associations entre les petites molécules incluses et les gènes. Pour accéder à OpenPhenom-S/16 sur Google Cloud, via Hugging Face, visitez RxRx.ai/phenom.